| Contrôle du respect des normes des infrastructures, équipements et aménagements hydro-agricoles | Direction Départementale de l’Agriculture, de l’Elevage et de la Pêche |
| Contrôle du respect des normes des équipements et matériels agricoles | Direction Départementale de l’Agriculture, de l’Elevage et de la Pêche |
| Contrôle et certification des produits halieutiques à l'exportation | Direction de la Production Halieuthique |
| Contrôle et suivi de chantier | Direction Générale du Développement Urbain |
| Contrôle qualité des produits halieutiques importés | Direction de la Production Halieuthique |
| Contrôle sanitaire et Délivrance de certificats sanitaires pour l’inspection des semences et embryon importés | Direction de l'Elevage |
| Contrôle sanitaire et délivrance de certificat sanitaire pour l’exportation des cuirs et peaux | Direction de l'Elevage |
| Contrôle sanitaire et délivrance de laisser-passer pour les mouvements de bétail | Direction Départementale de l’Agriculture, de l’Elevage et de la Pêche |
| Contrôle sanitaire et délivrance des certificats sanitaires internationaux à l’importation et a l’exportation des animaux vivants (bétail, animaux de compagnie, reptiles et autres) | Direction de l'Elevage |
| Contrôle technique à l'importation des produits de santé | Agence béninoise du médicament et des autres produits de santé |